HPC資料


ソースコード

ファイル内容
1filemain.fメイン
fileOPENFILE.fファイルオープン
fileBDATA.f数値テーブル(数値積分,内挿関数の微係数)
fileDAIMON.f実質的なメイン
2fileINPUT.f入力データ読込
fileCALMAT.fこの下(DIFMAT)で要素剛性行列の計算
fileMAC.fこの下(CGSOLV)で剛性行列を解く
3fileDIFMAT.f拡散行列の計算
fileLAGRAN.f形状関数の微係数(局所系)
fileJACOB.f形状関数の微係数(全体系)
fileCGSOLV.fElement-by-Element CG法で剛性行列を解く (file解説
4fileDTELEM.f要素データ入力
fileDTNODE.f節点座標データ入力
fileDTINIT.f初期データ入力
fileDT1BCD.fディリクレ境界条件データ入力
fileMKNPB.fPE間共有節点・要素データ入力A
fileMKNEIB.fPE間共有節点・要素データ入力B
5filePLTOUT.f結果の出力(UCD出力を含む)
fileMESAGE.fチェックライト
fileTIMEOUT.f計算時間の計測
filecom_time.f計算時間の計測
6fileMakefileMakefile
filerun_pois.sh実行スクリプト

入力データ

入力データフォーマット説明

領域分割図

dd.png

サンプル入力データ

2つセットです

コンパイル及び実行方法

  1. fileソースコード一式をダウンロードし,TCに転送
  2. 展開する
    tar zxvf MPI_POISSON4.0.2.tar.gz
  3. コンパイルする.MPI_POISSON4.0.1/src/ 中でmake
    cd ~/MPI_POISSON4.0.2/src
    make
  4. MPI_POISSON4.0.2/load で,filerun_pois.shを使って実行
    cd ~/MPI_POISSON4.0.2/load
    ./run_pois.sh
    • loadには,サンプルのfoo000 foo001があり,run_pois.shではmpirun -np 2となっているのでそのまま実行できます.
    • 入力ファイルを変えたいときは、各自loadに保存して,run_pois.shを編集の上実行してください。

実行時の注意

実行ファイルやシェルスクリプトをコピーした後に、それらを実行すると、 実行できない場合があります。そのような場合は、実行できないファイルの パーミッションを確認してみましょう。

ls -l file
   -rwxr--r-- 1 root root       file

上の出力結果のように左から4番目のところに、xの文字があれば実行可能です。 もしxがなければ、次のようなコマンドで、ファイルのパーミッションを変更しましょう。

chmod u+x ファイル名 

入力データ

マシンファイルサンプル:filemachines

  • TCは1ノードに2CPUあるので,1つのノードを2プロセス書いても問題ありません
  • このまま全員で使うと負荷が集中するので,適当に書き換えてください.

14K

  • tar+gzipで固めてあるので展開してください
    tar zxvf 14k.tar.gz
  • 以下のようなディレクトリ構造になっています
    14k
    |-- 1PE
    |   `-- foo000
    |-- 2PE
    |   |-- foo000
    |   `-- foo001
    |-- 4PE
    |   |-- foo000
    |   |-- foo001
    |   |-- foo002
    |   `-- foo003
    `-- 8PE
        |-- foo000
        |-- foo001
        |-- foo002
        |-- foo003
        |-- foo004
        |-- foo005
        |-- foo006
        `-- foo007
  • 14k/nPEディレクトリにあるファイルが,n領域の入力ファイルです
  • MicroAVS用1領域可視化データ:fileroom_check_14k.inp

100K

  • 14kと同様に展開してください

実行時の注意

100kの例題を実行するときは,main.fのLSIZE, ISIZEに代入する値を次の数字に編集してください.

LSIZE = 9050000
ISIZE = 1100000



      PROGRAM main
C     ***** MAIN PROGRAM *****
      IMPLICIT REAL*8(A-H,O-Z)
      INCLUDE 'mpif.h'
C
C      PARAMETER (LSIZE = 491,
C     .           ISIZE =  91 )
C      PARAMETER (LSIZE = 1148046,
C     .           ISIZE =  136846  )
      PARAMETER (LSIZE = 9050000,
     .           ISIZE =  1100000  )

編集後,あらためてmakeし,バイナリparapoisを更新したものに置き換えて100kの入力ファイルを読み込み・実行してください


添付ファイル: fileFrontISTR_性能評価_奥田20171013.pdf 136件 [詳細] fileReport2.pdf 118件 [詳細] file2次元問題の有限要素法.pdf 981件 [詳細] file1次元問題の有限要素法.pdf 799件 [詳細] fileMPI_POISSON4.0.2.tar.gz 318件 [詳細] fileroom_check_14k.inp 556件 [詳細] file14k.tar.gz 462件 [詳細] file100k.tar.gz 441件 [詳細] filemachines 532件 [詳細] fileMakefile 517件 [詳細] filerun_pois.sh 671件 [詳細] filempi_poisson_data_format.pdf 691件 [詳細] fileEBE-CG.pdf 1574件 [詳細] filefoo001 564件 [詳細] filefoo000 519件 [詳細] filedd.png 457件 [詳細] filecom_time.f 498件 [詳細] fileTIMEOUT.f 485件 [詳細] fileMESAGE.f 553件 [詳細] filePLTOUT.f 595件 [詳細] fileMKNEIB.f 524件 [詳細] fileMKNPB.f 579件 [詳細] fileDT1BCD.f 527件 [詳細] fileDTINIT.f 606件 [詳細] fileDTNODE.f 606件 [詳細] fileDTELEM.f 528件 [詳細] fileCGSOLV.f 603件 [詳細] fileJACOB.f 511件 [詳細] fileLAGRAN.f 589件 [詳細] fileDIFMAT.f 545件 [詳細] fileMAC.f 566件 [詳細] fileCALMAT.f 664件 [詳細] fileINPUT.f 539件 [詳細] fileDAIMON.f 679件 [詳細] fileBDATA.f 541件 [詳細] fileOPENFILE.f 583件 [詳細] filemain.f 559件 [詳細] fileMPI_POISSON4.0.1.tar.gz 356件 [詳細]

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Last-modified: 2017-10-24 (火) 13:00:29 (897d)